La guerre du Saint-Graal. Seuls quelques familles de magiciens connaissent son existence et y participent, dans l’unique but de remporter cette précieuse relique et d’exaucer un souhait. Elle se manifeste tous les dix ans dans le calme quartier de Fuyuki où des meurtres en séries font leurs apparitions et ne semblent connaître de fin pendant une durée indéterminé. Les fonctionnaires et salariés comme les autres n’y prêtent pas grande attention mais certains étudiants comment à se comporter étrangement.
Certains décident de sauter les cours, prétextant toujours une subite maladie pour des raisons inconnues et se retrouvent toujours à l’hôpital entouré de nombreux bandages comme s’ils venaient de vivre le pire combat de leur existence.
Tandis que d’autres font preuve d’une rare violence.
Tohsaka Rin est une lycéenne comme les autres, mais également étudiante à l’association de magiciens aux USA. En tentant une invocation qu’elle rate malheureusement, elle ouvre un passage à travers les dimensions et voilà que d’étranges personnes surnommés « ninjas » arrivent et décident de prendre le contrôle de la ville.
…la guerre va bientôt commencer. L’unique moyen pour les magiciens d’exterminer les ninjas, qui commencent à prendre leurs aises dans ce monde moderne et sont considérer comme trop dangereux pour apprendre à vivre avec eux. L’unique moyen pour les ninjas de retourner chez eux afin d’apprendre ce que devient leur village sans aucune protection à présent. Qui sera le vainqueur ?
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